<游戲中的故事非常的精彩，每一個角色的性格都有自己的特色，女主是一個很招人喜歡的女生，長相甜美，但性格并不驕傲，實力很強，個性也很獨立，在生活中女主也不是一帆風順，但是她還是可以積極的面對自己的人生，不會放棄自己，因此才會讓身邊的六個男主一起喜歡這個可愛的女生。

牛頓與蘋果樹游戲有多條劇情線，其中第一條是幼馴染線，下面有詳細介紹：

幼馴染，就是一二三四五，從小和主人公約定長大了要一起專研科學。

因為家庭原因，幼馴染搬家離開了主人公，長大后回來找主人公，卻發(fā)現(xiàn)主人公放棄科學，投身音樂了。

為了讓主人公想起小時候的約定，幼馴染帶主人公到劍橋大學參觀，意外開啟了時光機，穿梭到330年前的英國。

兩人在英國互相扶持，幼馴染向主人公表達心儀，正處熱戀中的幼馴染意外被老鼠咬了，得了黑死病。

為了救幼馴染，主人公提前啟動時光機回到被改變過的未來治病，從此兩個人在這個世界里生活。

玩家需要跟這些美麗的女生做朋友向自己做喜歡的女生求愛發(fā)展自己的戀愛歷程。

序章界面重繪