游戲采用了最簡單的通過選項確定游戲故事進行流程游戲模式，以人類擁有可以自由的在天空飛行能力的世界為舞臺，是描寫熱衷于空中競技的可愛少女們與曾經(jīng)的天才少年主人公奮勇努力揮灑熱血的青春物語。

牛頓與蘋果樹游戲有多條劇情線，其中第一條是幼馴染線，下面有詳細介紹：

幼馴染，就是一二三四五，從小和主人公約定長大了要一起專研科學。

因為家庭原因，幼馴染搬家離開了主人公，長大后回來找主人公，卻發(fā)現(xiàn)主人公放棄科學，投身音樂了。

為了讓主人公想起小時候的約定，幼馴染帶主人公到劍橋大學參觀，意外開啟了時光機，穿梭到330年前的英國。

兩人在英國互相扶持，幼馴染向主人公表達心儀，正處熱戀中的幼馴染意外被老鼠咬了，得了黑死病。

為了救幼馴染，主人公提前啟動時光機回到被改變過的未來治病，從此兩個人在這個世界里生活。

游戲會有不同的場景，玩家需要通過增加自己的體積去捕食。

學會生成嗎，不管是成為怎么樣的生物都需要自己去尋找食物。

玩家之間也是可以相互比拼或者協(xié)作的，盡量先所吃食物讓自己發(fā)育。

增加了前兩大關的體力贈送。